Ekstrakurikuler wajib ada 2 yakni Hizbul Wathan, Tapak Suci dan kelas hafalan untuk siswa kelas 1-5. Selain itu, SD Muhammadiyah Pakem menyelenggarakan berbagai ekstrakurikuler pilihan, yakni futsal, renang, multimedia, panahan, bahasa Inggris, klub hafidz, jaritmatika, dan klub pecinta lingkungan yang bekerjasama dengan OISCA (lsm yang berkantor pusat di Jepang).