Ekstrakurikuler Bahasa Inggris
Ekstrakurikuler Futsal
Ekstrakurikuler melukis SD Muhammadiyah Pakem
Ekstrakurikuler Multimedia
Ekstra Panahan SD Muhammadiyah Pakem berkerjasama dengan club panahan Ge force Archery
Ekstrakurikuler renang
Ekstrakurikuler Robotic SD Muhammadiyah Pakem
Ekstra Seni Tari SD Muhammadiyah Pakem
Ekstrakurikuler Tahfidz, mendidik siswa untuk menjadi generasi qurani
Ekstrakurikuler Tapak Suci