Masa pandemi Covid-19 tidak menyurutkan semangat SD Muhammadiyah Pakem untuk menyelenggarakan serangkaian agenda kegiatan sekolah. Salah satu kegiatan yang diselenggaran selama buan suci adalah Pesantren Ramadan. Senin, 19 April 2021 SD Muhammadiyah Pakem menyelenggarakan kegiatan pesantren kilat Ramadan 1442 H untuk siswa kelas 1-3. Kegiatan ini dilakukan siswa-siswa di rumah masing-masing dengan pantauan guru. Sebelumnya siswa diinformasikan tentang adanya kegiatan ini melalui edaran sekolah yang dibagikan saat pembagian tugas luar jaringan (luring) bersama dengan lampiran jadwal kegiatan, jadwal imsakiah, lembar pantauan kegiatan ibadah Ramadan. Guru bertugas memantau dan mengingatkan siswa melalui Whatsapp Grup kelas. Kegiatan ini diawali sejak pukul 03.00 sampai 21.00. Pada pukul 08.00-10.30  diadakan zoom meeting yang terdiri dari acara sambutan kepala sekolah, dongeng seru  oleh Kak AWE dan hikmah Ramadan oleh Rakanda Sarjono dengan pembawa acara Rakanda Yayan Asliyan Syah dan kameramen Rakanda Masruri. Alhamdulillah acara zoom meeting berjalan lancar diikuti 250-an peserta dan sebagian dapat menyaksikan streamingnya di chanel youtube sdmuhammadiyahpakem. Pada akhir sesi, seluruh siswa diminta mengisi formulir googleform sebagai presensi dan bukti keikutsertaan sesuai jadwal yang dibagikan.