Hizbul Wathan (HW) adalah ekstrakurikuler wajib untuk siswa kelas 1 sampai 5 di SD Muhammadiyah Pakem. Dalam seminggu ada alokasi waktu 2 jam pelajaran untuk pelajaran HW di jadwal pelajaran kelas 1 sampai 5. Koordinator Hizbul Wathan dikomandoni oleh Rakanda Aris Purnomo yang sekaligus menjabat sebagai wali kelas 3. Berbagai kegiatan rutin HW antara lain Pesta Athfal untuk kelas 3 dan Kemah Bersama untuk siswa kelas 5. Kegiatan ini biasanya diselenggarakan secara kolektif bersama SD Muhammadiyah Condongcatur, SD Muhammadiyah Prambanan, SD Muhammadiyah Kadisoka dan SD Muhammadiyah Bayen.