SD Muhammadiyah Pakem memiliki laboratorium komputer yang terus dikembangkan alat dan perlengkapannya agar dapat mencukupi kebutuhan civitas akademika. Laboratorium ini sering digunakan untuk pelajaran Multi Media dengan guru Rakanda Masruri dan pelajaran lain. Pada masa pandemi, dimana guru-guru dituntut untuk menyukseskan Belajar dari Rumah, laboratorium komputer digunakan sebagai sarana untuk mengajar melalui aplikasi zoom meeting .