SD Muhammadiyah Pakem berdiri pada tanggal 14 Juli 2003. Pada waktu itu SD Muhammadiyah Pakem menempati gedung bekas dari peninggalan SMK Muhammadiyah Pakem dan resmi memiliki izin berdiri pada tanggal 30 Desember 2006. SD Muhammadiyah Pakem awalnya adalah kelas jauh dari SD Muhammadiyah Condongcatur yang prestasinya sudah go-internasional, yang pada waktu itu disepakati kerjasama antarkedua belah pihak untuk mengelola dan mengembangkan sekolah. Serah terima kerjasama tersebut ditandatangani oleh Ketua Majelis Diksdasmen Pimpinan Cabang Muhammadiyah Kecamatan Pakem yaitu Bapak. Drs. Wardjana dan Bapak Dr. Ir. Sunarto Gunadi Ketua Majelis Diksdasmen Pimpinan Cabang Muhammadiyah Kecamatan Depok pada tanggal 30 Maret 2013/ Ahad, 28 Muharam 1424 H. Karena dengan keterbatasan fasilitas sekolah waktu itu, SD Muhammadiyah Pakem juga menjalin kerjasama dengan SMP Muhammadiyah Pakem dalam hal penggunaan laboratorium komputer. Alhamdulillah, seiring berjalannya waktu, sekolah ini terus berkembang hingga kini memiliki berbagai fasilitas sendiri.

Berawal dari sebuah keinginan memiliki sekolah dasar yang berkualitas, maka SD Muhammadiyah Pakem di bawah kepeminpinan Bunda Nur Hayati, S.Ag, MM memberanikan diri membuat jargon “Sekolah NDeso Prestasi Kutho.” Hal ini dimaksudkan untuk memotivasi semua stakeholder yang ada mencurahkan segala pikiran, tenaga dan kemampuan untuk mengoptimalkan prestasi sekolah. Tentu hal ini bukanlah pekerjaan yang mudah jika dilihat dari faktor :

• letak geografis/lokasi sekolah yang berada di lereng Gunung Merapi
• status sosial ekonomi dan pendidikan berada di level transisi
• merupakan sekolah baru sehingga belum sepenuhnya diterima keberadaannya dan masih banyak lagi kendala yang ada.

Pekerjaan sulit bukan berarti tidak mungkin, berkat Allah SWT dengan niat yang tulus untuk menyeimbangkan kemampuan akademis dengan kemampuan emosional, atau dengan prinsip “Pintar tapi tetap berakhlak “maka ETOS KERJA dari pendidik maupun tenaga kependidikan di SD Muhammadiyah Pakem yaitu : (1) Kerja Keras, (2) Kerja Cerdas, (3) Kerja Ikhlas dan (4) Kerja Tuntas. Selain itu, peran aktif dari dewan komite sekolah dan wali murid sebagai mitra sekolah dalam mendukung pencapaian prestasi sekolah serta dengan semangat kerja tersebut membawa hasil yang signifikan baik prestasi akademik maupun nonakademik yang mampu mewarnai prestasi di kabupaten Sleman maupun Daerah Istimewa Yogyakarta. Hal ini terbukti pada awal meluluskan siswa kelas 6 dan lulusan ke-4 SD Muhammadiyah Pakem berhasil mencuri perhatian dunia pendidikan karena hasil UN yang cukup baik bahkan salah satu siswa SD Muhammadiyah Pakem berhasil menjadi salah satu yang terbaik di tingkat Provinsi DIY. Akhirnya dengan demikian, akan terwujud sebagaimana VISI & MISI Sekolah. Hingga kini di bawah kepemimpinan Bunda Rr. Afiati Fatimah, S.Pd. yang melanjutkan memimpin sebagai kepala sekolah dengan semangat Prestasi SD Muhammadiyah  terus siap mengantarkan menuju generasi cerdas dan berakhlak menawan.